1、与禾本科作物三年以上轮作,以避菌源:发病田应在收割后进行深翻,将菌核埋入土壤深层,并将病残体清出田外,减少菌源;选用抗病品种、精选种子,剔除病斑粒、菌核块及虫食粒、杂质等,要求净度97%以上,发芽率95%以上,含水量低于13%;合理施肥,培育壮苗,增强抗病能力,有机肥要彻底发酵,杀死病源菌,N、P、K合理搭配;合理密植:根据品种的特性合理密植;大豆发病后及时进行中耕培土,能促进生根,同时将菌核埋入土壤深层,减轻病情;组织农户做好田间调查,对重点地块认真巡查,发现病株要及时拔除,带出田外深埋处理。
2、在及时进行田间巡查基础上,要做到在发病早期喷药防治。在发病面积较大时,不但要及时拔除病株,还要对病株周围喷药保护。需要全田喷药保护时,应采用机动式弥雾机,喷口向下作业,确保中下部植株叶片着药或使用自走式高杆喷雾机喷洒药剂。根据各地防效调查,目前对菌核病防效较好的药有50%腐霉利、40%菌核净、25%咪鲜胺、50%异菌脲,每公顷用量1.5公斤,对水喷雾,隔7天用药一次。