棉花是常异花授粉作物,生物混杂和机械混杂是造成品种纯度降低的主要原因,为保证种子纯度和提高产量、改善品质,要求在一个生态区内,实现原种二代更新,因此,应将良繁区生产的种子棉单收单轧,一般将毛子轻脱二道绒后,种子含水在12%以下时单独存放。长期贮藏的种子,不宜先用硫酸脱绒,也不宜用种衣剂包衣后贮存,以防贮藏期间大幅度降低发芽率。贮藏期间影响种子含水高低的因素是空气湿度。当种子量不大,空气相对湿度低于50%时,棉籽含水量明显减少;相对湿度50~70%时,含水稳定;当湿度高于70%时,种子含水明显增加。西北内陆棉区和黄河流域棉区,在冬春季贮藏期间,降水不多,相对湿度大多在65%以下,小量棉种可装在布袋或麻袋内囤存或堆存,要防止地面返潮,大量集中贮存时,亦可在露天苫盖防潮。长江流域棉区春季雨水多,相对湿度在70~80%,故应进行库藏。种子库应有通风防湿条件,注意通风降湿和翻堆降湿。